KBN - Molecular Simulations Inc

PROJET PILOTAZOWY

KBN podjal decyzje o koniecznosci zakupu opgrogramowania firmy Molecular Simulations Inc (dawniej BIOSYM/MSI) na podstawie zlozonych w 1996 wnioskow do KBN ( w tym i przez Uniwersytet Jagiellonski).

Oprogramowanie MSI jest znane i stosowane w Polsce, ale malo popularne ze wzgledu na bardzo wysoka jego cene. Firma MSI wspolnie z ICM ( Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania) przy Uniwerstecie Warszawskim zaproponowala wprowadzenie w Polsce krajowej licencji sieciowej oprogramowania MSI. W wyniku tego tego mozna bedzie zoptymalizowac wykorzystanie licencji w skali calego kraju. KBN zaakcepotala ten projekt i w wyniku tego rozpoczeto okres pilotazowy. Okres ten potrwa do 30.06.1997. Ma on zbadac jakie jest realne zapotrzebowanie na rozne moduly oprogramowania MSI. Pozniej KBN podejmnie decyzje o rozmiarch i ilosciach konkretnych licencji.

W okresie pilotazowy sa nastepuje zasady:

Dostep dla pracownikow instytucji naukowych i edukacyjnych w Polsce do kazdego modulu MSI. (Wylaczone sa jednostki o charakterze komerycyjnym i przemyslowym)
Kazde uzycie jst kontrolowane i rejestrowane poprzez centralny serwer licencji w ICM w Warszawie.
Caly pakiet oprogramowania MSI jest instalowany na regionalnych serwerach oprogramowania. W Krakowie jest to Power Onyx SGI w Uniwerystetecie Jagiellonskim. Koordynatorem jest w Krakowie Dr J.Oleszkiewicz (tel 323174)

Waznym jest aby w okresie pilotazowym w sposob mozliwie maksymalnym wykorzystac dostarczone mozliwosci. Aby przystapic do projektu nalezy wypelnic odpowiedni formularz zgloszeniowy uzytkownika lub grupy badawczej i przeslac do ICM oraz do Dr J.Oleszkiewicza ( tel. 323174, fax 337086). Formularze zgloszeniowe:

zgloszenie grupy badawczej- formularz w postscripcie
zgloszenie uzytkownika -formularz w postscripcie

Formularze sa dostepne tez na miejscu w PTO IF UJ.

Zgloszenie jest konieczne, gdyz ICM pozwala na korzystanie z licencji tylko zgloszonym do nich uzytkownikom ( tj poprzez ich adresy emailowe i hostow na ktorych beda uzywac oprogramowania MSI).

Oprogramowanie MSI sklada sie z okolo 140 programow zgrupowanych w 6 pakietow:

InsightII rel 4.00

"Material Science" "modelowanie" ciala stalego, itp . Najwazniejsze moduly (lub grupy modulow) to:

Builder
Polymerizer
Discover
Discover_3
Docking
Ampac/Mopac
DMol
Turbomole
Zindo
Solid_Builder
Solid_Docking
Solid_Diffusion
Solid_Simulation
Sorption
Charaterize
Structure_Image
Structure_Solve
Structure_Refine
Reation_Patterns
Plane_Wave
ESOCS
DSolid
FastStruct_SimAnn
Miscibility
Amorphous_Cell
Crystal_Cell
Interphases
Flexiblend
Networks
Phase_Diagram
Poly_NMR
PRISM
QSPR
RIS
Synthia
Visco_elasticity
Analysis
Discipline

InsightII rel 95.0

"Life Science" "modelowanie" struktur bilogicznych, molekul, bialek, itp . Najwazniejsze moduly (lub grupy modulow) to:

Builder
Biopolymer
Delphi
Solvation
Discover
Discover_3
Docking
Ligan_Design
Homology
NMR_Refine
Ampac/Mopac
DMol
QuanteMM
Zindo
DECipher
Analysis

Cerius2 rel 2.1

"Material Science" oraz "Life Science" a szczegolnie rowniez pakiety do modelowania nowych lekow. Moduly:

BUILDER:
- Crystal Builder
- Surface Builder
- Interface Builder
- Polymer Builder
- Amorphous Builder
- Analog Builder
- Tables & Graphs
OFF SETUP:
- Open Force Field
- Force Field Editor
- Charges
OFF METHODS:
- Minimizer
- Dynamics Simulation
- Dynamics Analysis
- Conformer Search
- Conformer Analysis
INSTRUMENTS:
- Crystal Packer
- Morphology
- Polymorph
- Sorption
- Blends
- Polymer Properties
- Mechanical Properties
ANALYTICAL:
- Diffraction-Crystal
- Diffraction-Amorph.
- Diffraction-Faulted
- Rietveld (GSAS)
- Riewtveld (DBWS)
- DLS
- HRTEM
- LEED/RHEED
- EXAFS
- Powder Indexing
QM:
- MOPAC
- GAUSSIAN
- CASTEP
- ADF
DRUG DISCOVERY:
- Build QSAR
- Apply QSAR
- Model Receptor
- Align Molectules
- Query Databases
QSAR:
- QSAR
- Equasion Viewer
- Genetic Analysis (GFA)
- Field Analysis (MFA)
- Shape Analysis (MSA)
HYPOTHESIS MODELS:
- Model Receptor
- HIPHOP
- Confirm
DATABASES:
- Catalysis Interface
- Caveat Interface
FIELD CALCUALTION:
- Field Visualization
- Field Generation

Quanta96

"modelowanie: molekow, klastrow oraz malych ukladow molekularnych

Catalyst rel 3.1

glownie projektowanie nowych lekow

Felix rel 95.0

analiza widm NMR

Ze wzgledu na wymagania graficzne prawie wszytkie programy musza pracowac tylko na komputerach SGI.Oznacza to ze jedynie dostepne sa wersje binarne na taka platforme sprzetowa. Z dostarczonych pakietow jedynie oprogramowanie pakietu Cerius2 pracuje na SGI, DEC i IBM RS/6000. Dodatkowo w ramach pakietow dostarczane sa niektore programy w wersji zrodlowej ( np MOPAC rel 6.0 , DENSITY 1.0). Dokladniejsze informacje o oprogramowaniu jest dostepne : - pod adresem http://www.msi.com - dokumentacja do wgladu na miejscu w PTO IF UJ, ul Reymonta 4 ( okolo 60 podrecznikow). Informacje jak nalezy uzywac oprogramowanie MSI .